Costábile Cristech, Alicia

Research interests

1) Genómica y Transcriptómica de procariotas y eucariotas
2) Descifrando la vía de silenciamiento de los retrotransposones en las células madre de cestodos
3) Vacunas de ARNm

Working area

1) Las tecnologías ómicas (genómica, transcriptómica y proteómica) son cada vez más utilizadas en diferentes líneas de investigación. En esta línea se busca apoyar a investigadores en el análisis de estos datos masivos, como el ensamblado de genomas, análisis de transcriptomas y expresión diferencial, análisis de datos proteómicos y estudios filogenéticos básicos.

2) Los platelmintos parásitos causan diversas enfermedades en humanos y animales. Si bien existen tratamientos para controlarlos, los parásitos han desarrollado mecanismos de resistencia, por lo que urge encontrar nuevos blancos para el tratamiento. Estos organismos carecen de la vía canónica de silenciamiento de retrotransposones, mediada por piRNAs. No presentan en sus genomas los genes codificantes para proteínas Piwi, vasa y Tudor, además de no presentar ARNs pequeños con características de piRNAs. El movimiento de retrotransposones en el genoma es una fuente de cambios genómicos que puede ser perjudicial, particularmente en las células madre que dan lugar a las células necesarias para la renovación de tejidos y la generación de las estructuras reproductivas. Por ello, es importante contar con mecanismos de silenciamiento, controlando su movilización en el genoma. De hecho, genes vinculados a estos mecanismos son marcadores específicos de células madre en platelmintos de vida libre, indicando un rol de esta vía para su funcionamiento. En platelmintos parásitos, varios genes ortólogos a los componentes de la vía clásica de silenciamiento de retrotransposones mediada por piRNAs están amplificados, sugiriendo que podrían estar supliendo la función de la vía canónica. En trematodos, se ha visto que otras proteínas Argonauta amplificadas en platelmintos participan del silenciamiento de retrotransposones, mediado por siRNAs.
Esta línea busca aportar al conocimiento de las vías de silenciamiento de retrotransposones en cestodos y en particular en sus células madre. Analizamos la expresión diferencial de retrotransposones en células madre, utilizando datos generados en proyectos anteriores. Se están optimizando metodologías que permitan caracterizar las proteínas que se unen de manera específica, potencialmente implicadas en su silenciamiento.

3) Las vacunas de ARNm son una plataforma rápida y efectiva para el desarrollo de vacunas. Son particularmente interesantes para patógenos emergentes y desatendidos. En esta línea planteamos el desarrollo de vacunas de ARN desde su diseño hasta su producción a pequeña escala.